Одделението за историја на уметност во рамките на тогашниот Народен музеј - Прилеп функционира од 1960 година, во почетокот како Галерија, а со прераснување на институцијата во Завод за заштита на спомениците на културата, природните реткости и Музеј во 1981 година, тоа се води и официјално како Одделение за историја на уметност. Негова основна дејност е истражувачки работи и изработка на документација (дескриптивна, техничка и фото) за живиопис, икони, резба и библиофилски материјал, изготвување на проекти за превентивна заштита и конзервација и евиденција на движниот материјал (икони, библиофилски материјал и друг црковен инвентар) кој се наоѓа во црквите и манастирите. Исто така, Одделението за историја на уметност прибира и обработува дела од областа на Современата ликовна уметност, организира тематски изложби и го публикува истражениот материјал.

 

Следејќи ја во своите истражувања хронолошката датација на опсервираниот материјал, одделението е поделено на четири реферати: Реферат за византиски период, Реферат за поствизантиски период, Реферат за доцен период - XVII и XIX век и Реферат за современа уметност.

На територијата на општина Прилеп има повеќе од 80 цркви и манастири, од кои еден дел се регистрирани споменици на култура. Покрај архитектонската вредност што ја поседуваат, мошне висока уметничка вредност имаат живописот, иконописот и резбата во нив.

Бројот на евидентирани икони кои се наоѓаат во црквите и манастирите е преку 2 500. Работени се главно од локални мајстори, но и од иконописни школи кои работеле во поширокиот дел од Македонија. Потекнуваат од XVIII и XIX век, а само еден мал дел датира од XV - XVII век.

Со акцијата на Народниот музеј за прибирање на икони од напуштените цркви и манастири во прилепскиот крај во раните шеесетти години на XX век, оформена е Збирката на икони. Оваа збирка покрај бројката од преку 200 икони, содржи и царски двери, фрагменти од резба, Чин во два дела, сликарскиот прибор на зографот Јован Атанасов и друго. Дел од овој материјал во 2002 година е презентиран во постојана изложбена поставка во Галеријата на икони, сместена во простории на реновираното Прво женско училиште.

Одделението за историја на уметност е доста активно и во прибирање на уметнички дела од современи македонски сликари и нивно јавно презентирање преку изложбени поставки.