Одделението за историја е формирано во 1948 година, како засебно одделение со постојана изложба со тема од НОВ. Со формирањето на Народниот музеј во Прилеп, 1955 година, кој во 1981 година прераснува во Завод за заштита на спомениците на културата, природните реткости и Музеј, Одделението за историја влегува во неговите рамки.

Одделението за историја го опфаќа периодот од најраната историја на средновековен Прилеп, па се до периодот по Втората светска војна, односно современиот период.

Поинтензивен развој ова одделение доживува по 1981 година, кога се дели на три реферати: Реферат за Среден век, Реферат за Преродба и Илинденски период и Реферат за периодот меѓу двете светски војни и НОВ .

Најоскуден со материјал е Рефератот за Средниот век. Од 1994 година започнува поинтензивно проучување на овој период преку пишани историски извори, кои се надополнуваат со археолошки наоди. Својот фонд овој Реферат го збогатува со илустративен материјал, турски тапии, факсимили, како и извадоци од турски документи значајни за историјата на Прилеп и прилепско.

Периодот од Националната преродба, Илинденскиот период, периодот меѓу двете светски војни, НОВ и повоениот период поинтензивно се проучуваат од 1981 година.

Рекогносцирањата на теренот во Прилеп и прилепско, истражувањата во архивите, Институтот за Национална историја, Народната и универзитетска библиотека и други институции, како и добивањето на музејски материјал по пат на поклони и откуп, доведоа до збогатување на историските фондови со архивска граѓа, фотодокументи, оружје и воена опрема, печати, штембили и одликувања, како и формирање на Фонд на повоена изградба на Прилеп, Фонд на прилепскиот театар и Фонд на негативи откупени од приватни фотографи.

Во рамките на проектот Истражување на животот и делото на учесниците во Илинденското востание од прилепскиот регион во почетокот на ноември 1999 година на локалитетот Клен кај село Гуѓаково во Мариово беше пронајден и откопан гробот на војводата Толе Паша. Посмртните останки на војводата се пренесени во неговото родно село Крушевица во Мариово, каде денес се наоѓа неговиот гроб.

Од 1999 до 2002 година Одделението за историја го реализира проектот Евиденција на споменици и спомен обележја во Прилеп и прилепско. Беа евидентирани сите културно историски споменици, спомен плочи, спомен бисти, спомен чешми, спомен костурници и меморијални музеи од периодот на Националната преродба, Илинденскиот период и Народноослободителната и антифашистичка војна во Македонија.

Во рамките на Одделението за Историја се истражува и проучува историјата на Прилеп од неговото настанување до денес. Се проучуваат ликовите и делата на голем број прилепчани кои имале значајна улога во историјата на градот и Републиката, луѓе од разни професии кои дале голем придонес во просветата, науката, културата, уметноста и друго. Револуционерите од преродбенскиот, илинденскиот и периодот меѓу двете Светски војни се посебна тема на обработка и истражување. Прилеп е место каде што се одиграле мошне значајни настани во историјата на македонскиот народ. Преку најразлични активности на Одделението за историја се расветлуваат непознаниците за сите овие големи луѓе и настани, со што се пишува историјата на Прилеп. За дел од историјата на градот во страниците што следуваат.