Одделението за документација во НУ Завод за заштита на спомениците на култура и Музеј - Прилеп е формирано во 1984 година. Во него се извршуваат евиденциони активности како од областа на заштитата на спомениците на култура, така и од областа на музеологија, односно одделението е во директен сооднос со другите одделенија.

Дејноста од областа на заштитата на спомениците на култура во Одделението за документација опфаќа регистрација на спомениците на култура во Општинскиот регистар за недвижни и движни споменици на култура, како и прибирање, систематизирање и депонирање (систем Досие) на целокупната документација (дескриптивна, фото и техничка) за регистрираните споменици на култура на територијата која е во надлежност на НУ Завод и Музеј - Прилеп. Со депонирање на документацијата за регистрираните споменици на култура по систем Досие (Досиетека) се овозможува и ефикасно користење на тој документациски фонд.

Од областа на музологијата дејноста се остварува со реализација на три системи: систем на Влезна книга, систем на Излезна книга и систем на Книга за изложби.

Во рамките на системот Влезна книга на музејски материјал се врши евиденција на нов музејски материјал што го прибавува НУ Завод и Музеј, како и реевиденција и ревизија на севкупниот евидентиран музејски материјал. Со реевиденцијата одделно се евидентира музејскиот материјал за кој се констатира дека во меѓувреме ја изгубил музејската вредност, не постои или е уништен.

Системот Излезна книга на музејски материјал се реализира преку евиденција на целокупниот музејски материјал што трајно или привремено излегува од НУ Завод и Музеј - Прилеп.

Преку системот Книга за изложби на музејки материјал се евидентираат реализираните постојани изложбени поставки и повремени и подвижни изложби на НУ Завод и Музеј. Оваа книга служи и како информативно документарно помагало.

Раководителот во Одделението за документација учествува и е дел од работата на стручни тимови за увид, евиденција, валоризација и ревалоризација.