Одделението за археологија постои од формирањето на Народниот музеј - Прилеп во 1955 година, кој во 1981 година прераснува во НУ Завод за заштита на спомениците на култура, природните реткости и Музеј. Одделението во 1960 година е поделено на четири реферати: Реферат за Праисторија, Реферат за Антика, Реферат за Нумизматика и Реферат за Среден век.

Сепак, интерес за истражување на остатоците од подалечното минато на овие простори постоел уште кон крајот на XIX век. Во 1897/98 година месниот учител А. Петров вршел ископување на локалитетот Сатока кој се наоѓа помеѓу селата Бешиште и Градешница во Мариово.

Дваесет години подоцна, во 1917 година, учителот С. Стефанов при ископување на локалитетот Грамади кај село Витолиште открил остатоци кои укажале на постоење на населба која егзистирала подолг временски период од праисторијата, преку античко време, до средниот век.

Следната година, бугарскиот научник Г. Кацаров посетил неколку локалитети во атарот на село Витолиште, при што своите согледувања од направените рекогносцирања ги објавил во стручната литература.

На локалитетот Болница поранешна Учителска школа во 1925/26 година М. Кокиќ и Ч. Трухелка превзеле помали теренски ископувања, при што биле откриени четири гробови од типот “циста” . Според карактеристиките на откриениот археолошки материјал гробовите се датираат во XIII-XII век од старата ера.

Во периодот меѓу двете светски војни професорот Др. Н. Вулиќ вршел истражувања на неколку антички локалитети во прилепско: Бедем кај село Чепигово (1924), Градиште кај село Дебреште (1928), Безистен кај село Прилепец (1927/28), како и на гробниците од македонски тип во населбата Варош и кај село Бонче.

  Првите активности на Народниот Музеј по неговото формирање се насочени кон прибирање и истражување на остатоците од материјалната култура на овие простори. Отпочнато е со археолошки истражувања на повеќе локалитети од праисторискиот, античкиот и средновековниот период.

Со теренските истражувања и рекогносцирања евидентирани се над 500 археолошки локалитети, а како позначајни археолошки пунктови се издвојуваат локалитетите Врбјанска Чука - село Славеј, Стибера - село Чепигово, Градиште - село Дебреште, Задна Река - село Витолиште, Трпчева Црква - село Дуње, Страгата - село Крушевица, Трештена стена - село Манастир и комплексот Маркови Кули со Варош.  

Покрај теренски истражувања, археолошкото одделение врши: прибирање на музејски материјал по пат на откуп, подарок и сл; евидентирање, заштита и стручна обработка на музејскиот материјал; евиденција и увид во состојбата на недвижните и движни споменици на културата; организира постојани и повремени тематски изложби; ги презентира резултатите од истражувањата во стручни публикации; обавува едукативно водичка дејност.

Во 1961 година е поставена Постојана археолошка поставка во која се изложени порепрезентативните движни археолошки наоди. По повод јубилејот 50 години музејска дејност во Прилеп во тек е нејзино ентериерно преуредување, како и содржинско надополнување со ново откриени експонати.

  Значајно е да се спомене плодната соработка што Одделението за археологија во рамките на Народниот музеј ја остварува во периодот од 1965 до 1980 година со научни и стручни институции од странство, за размена и учество на археолози во археолошки истражувања и реализирање на други активности поврзани со истражувањата и заштитата на спомениците на културата. Остварена е соработка со Катедрата за Полска археологија на Универзитетот “Марија Кири Склодовска” од Лублин, со Институтот за историја на материјалната култура на Полската академија на науките од Варшава, со Војводскиот археолошко конзерваторски центар од Ворцлав, како и со Археолошкиот институт на Словачката академија на науките од Нитра, Чехословачка. Исто така, Народниот музеј - Прилеп беше домаќин и организатор на Интернационалниот симпозиум за словенска археологија во 1972 година и на X конгрес на археолошките друштва на Југославија во 1976 година.